為進一步加快水環境基礎設施建設，改善水環境質量，“十二五”期間，莆田市將通過各種投融資方式新擴建市、縣（區）污水處理廠，全面推進鄉鎮污水集中處理設施建設， “十二五”末，市區污水基本實現全收集全處理。各縣（區）在建成一座污水處理廠的基礎上，東圳水庫及外度水庫上游兩岸的鄉鎮和省、市重點小城鎮、生態創建鄉鎮均應配套污水集中處理設施（或將污水接入已建的城鎮污水處理廠處理）。其他需特殊保護的區域內鄉村，因地制宜地建設分散式等多種污水處理設施。

以管網建設、污泥處置、再生水利用為重點，全面推進污水處理設施系統工程。加快廠外管網配套，提高負荷率。新建污水處理廠同步配套管網建設，已建的污水處理廠重點解決廠外管網滯后的問題，不斷提高收水率和設施運行負荷；根據城鎮污水處理廠污泥處置規范要求，對污泥進行穩定化、減量化和無害化處理；大力提升城市再生水綜合利用能力。