地下水危機不僅僅在于污染嚴重，還在于其治理十分困難。
“與地表水污染相比，地下水污染具有隱蔽性、延時性和不可逆性等特點，雖然不會造成突發性環境事件，但一旦造成惡果，其影響基本不可逆”，鄭春苗告訴記者。這些天然特性決定了地下水污染物難以被清理，重金屬則難以被降解。而據《國際先驅導報》報道，深層的地下水一旦被污染，治理起來可能需要上千年的時間。
我國的情況更不容樂觀。“我們的地下水工作落后于發達國家至少十幾年，在很多方面尚處于空白。”在國家“千人計劃”入選者、北京大學終身講席教授、水資源研究中心主任鄭春苗看來，對地下水研究和治理工作影響最大的是缺乏足夠的、可靠的、可以共享的基礎數據。“目前我國尚未開展全國范圍的地下水環境檢測和污染調查評估工作，地下水環境質量方面尚無準確完整的描述。”此類基本數據資料的缺失，讓弄清楚地下水的具體問題變得十分困難，旋即影響下一步工作的開展。
由于種種原因，國家的經濟發展走的是一條“先污染后治理”的路子，“一切唯GDP是從”的發展思路讓各級政府習慣性地漠視環保問題，在地下水污染防治方面也不例外。“很多地方政府對地下水污染防治工作的重要性和緊迫性認識仍不到位”，鄭春苗說。
觀念上的淡漠直接導致監管缺位或者監管力度不大。在大部分地區，地下水污染預防和地下水保護設施都不完善，地下水污染監控體系和預警應急體系也未建立起來。
危機的潛伏還來自于公眾層面的渾然不覺。從現在來看，地下水危機尚未引起重大沖突事件，普通公眾遠未意識到一個巨大危機正在逼近。水資源研究者周晨認為，地下水保護的主力，應該是公眾，需要公民的深度參與，這種觀點得到李貴寶、馬軍等多位業內專家的認同。
在美國，自下而上的污染防治機制在地下水污染防治工作中起到了決定性的作用。公民不僅對污染有較強的警覺性，而且習慣于用訴訟來保護自己的權益，一旦企業有污染行為即會毫不猶豫地起訴。公眾與政府、企業之間形成制衡機制，在巨大的輿論壓力面前，企業也不得不自覺控制污染排放，政府亦不得不承擔起應有的監管責任。