在20世紀50年代和60年代，日本將工業現代化和提高國民收入的發展目標置于環境和公眾健康之上，那時日本的許多城市都非常臟亂。煉油業、鋼鐵業和石化工業造成大量的污染，這些是二戰后迅速工業化的結果。

在20世紀70年代，日本遭受2次石油危機，人們逐漸認識到，經濟增長需要與節能和環境保護達成平衡。在1970年，日本通過了14個污染防治方面的法律，這些法律被稱為“防治污染的套餐”。這些法律的目標是要使日本更加清潔，但是，有些法律條文不明確、不完整，有的甚至缺少環境影響評價標準。

日本20世紀70年出臺的污水處理方面的法律法規，在改善水質方面發揮了重要作用。

日本的環境標準是建立在1967年《環境污染治理基本法》基礎之上的。1971年，日本環保局成立，環保局將污染防治放在首要位置，此后，日本的環境保護工作才逐漸步入正軌。在2001年日本政府機構重組的時候，日本的環保局升格為環保部。

2011年3月發生的東日本大地震和隨后的海嘯，破壞了至少27萬個建筑物，災害留下了大量的瓦礫和碎片，包括燒毀的船只和汽車等，還有那些被沖上岸邊的殘片，大約有超過24萬噸的污染物。日本政府迅速采取措施，收集和處置災后遺留的廢物，受影響的城鎮和村莊需要向政府交納一定的費用，這些費用彌補了政府在污水、污物清理過程中的開支。政府還一直對環境進行監測，測量水和空氣中放射性物質的含量，追蹤東京福島核電站泄漏的放射性物質。

日本的水污染

在日本，只有大約36%的居民住所的排污系統與下水道相連通，而英國居民住戶的排污系統與下水道連通的比例則高達97%，法國為65%。

人們每天都會制造數百萬噸的有機污染物進入周邊水體，有研究表明，在發達國家的美國、日本和德國中，日本是向水體排放有機污染物最少的國家。

在20世紀60年代，日本的河流被污水、生活廢水，以及其他污染物污染。在日本東京的一些河流中，河流流淌著受到嚴重污染的黑水，水的表面漂浮著白色的泡沫。在一些河流的周邊地帶，一些兒童患了骨骼疾病，導致他們的四肢變形。20世紀70年代，日本九州外的海灣被稱為“死亡之海”，水體被嚴重污染，呈現出棕綠色。許多城市河流污染嚴重，大腸桿菌嚴重超標，人們不能夠在水體中游泳，因為那樣會有生病的危險。

存在于日本和韓國之間的海域正在逐漸“死去”。每年的捕魚量都在不斷減少。人們認為，其主要原因是過度捕撈，實際上，它與水體污染和海洋溫度上升也有很大關系，而現在是一個全球氣候變暖的時代。

鮭魚重返日本的河流，似乎是環境改善的體現，然而，在這些鮭魚的體內卻發現了高水平的DDT，這是一種有劇毒的化學物質。DDT和其他一些有毒化學品在日本已經很長時間沒有使用了，但是，南亞一些國家仍然在使用，這是日本受到的境外污染。

日本的水污染治理

與其他國家相比，日本的污水治理可謂獨具特色，該國采用淡水貽貝來清理河流。貽貝是一種雙殼綱的軟體動物，一只成年貽貝每天能夠清洗、過濾180升污水，這些貽貝通過消耗水中的硅藻和其他浮游生物來凈化水源，這些硅藻和浮游生物以水中的氮和磷為食，而氮和磷是水體污染物的主要成分。雖然在一些很骯臟的河流，例如位于日本大阪市中心的河流，貽貝凈化河水似乎并不能獲得理想的結果——人們還不能在河里游泳，但是，人們卻獲得了另外的收獲和驚喜——部分貽貝長出了珍珠。

2008年3月，經過40年之后，人們又可以在東京灣捕蛤了，蛤和貽貝一樣，也是一種雙殼綱的軟體動物，具有較強的凈水能力。因為水體污染等原因，東京灣的捕蛤業在1969年停業，捕蛤業的恢復表明，日本東京灣的水質得到了改善。

日本的圭河也是水污染治理的典范，這條河流流經日本廣島中部，很長的一段時間流淌著被污染的水源，污水散發著臭味。幾年前，人們在這里使用了“滲透支柱”特殊技術凈化河水，這是一種使用電廠的煤灰制作的碳體，能夠吸引、分解水體中的有毒污染物，去除水體中不良的氣味，凈化水源。采用這種技術之后，圭河的水質得到了顯著改善，許多水生生物，例如螃蟹和蛤蜊，也重新返回了水域。