采用發光菌評估水質毒性時，需要結合化學指標進行分析，反之亦然。另外，污水的成分復雜，有時可能會對發光菌造成刺激效應，從而掩蓋抑制效應，因此需要結合其他生物(如藻類、水蚤和魚類)的毒性試驗進行評估。不同生物對毒性的敏感性不同，采用不同層次的生物進行評估，有利于準確評估水的毒性。即使只采用發光菌進行毒性試驗，必須同時采用多種細菌進行驗證。

測定時存在一定的干擾因素，需要盡可能消除干擾。水樣的濁度、鹽度、pH值、細菌的培養基等都可能對結果造成影響，導致重復性差。另外，如果使用冷凍干燥細菌，培養基成分可能影響毒物的生物利用度或細菌的發光強度，因此需要結合細菌的來源和類型對結果進行闡述。

由于發光細菌法與其他生物監測方法相比具有快速、簡便、靈敏等特點，相信在水域(水體)水質評價、水質水量污染控制、水質管理以及水域(水體)規劃方面發揮更大的作用。發光細菌法已在水質、環境評價以及生態規劃中得到了廣泛的應用。隨著技術的發展，發光細菌法將和電子技術以及光電技術相結合,逐步發展為在線監測系統，為水質分析提供更加快速的測試手段。另一發展方向就是和先進的化學分析方法相結合，為環境監測提供更加全面和細微的毒性分析。總之，出于發光細菌法具有其獨特的優點，世界各國都在努力完善它，相信這一測試方法在環境監測中發揮更大的作用。