2013年10月14日，水利部辦公廳會同國家檔案局經科司組成檔案專項驗收組，對國務院第一次全國水利普查領導小組辦公室產生的水利普查檔案進行了專項驗收。驗收組認為其普查檔案收集齊全，分類科學，整理規范，滿足了完整、準確、系統與安全性的要求，并建立了全部檔案的案卷級和文件級數據庫，為今后水利普查檔案的利用創造了很好條件，一致同意國務院第一次全國水利普查領導小組辦公室的水利普查檔案通過專項驗收。

自國務院啟動第一次全國水利普查以來，水利部和國家檔案局及國務院第一次全國水利普查領導小組辦公室高度重視普查檔案管理工作。由于制度先行,提早布置，要求明確，管理規范，組織實施到位，各級水利普查機構也已圓滿完成了普查檔案工作，完整地保存了第一次全國水利普查所獲得的技術、經驗和數據等成果。此次水利普查檔案順利通過驗收，是第一次全國水利普查圓滿收尾的重要標志之一，也為普查項目驗收奠定了基礎。