2000年前后，隨著撫仙湖流域活動增大，污染物排放量增加，湖內污染物滯留率劇增，清水產流機制遭到破壞，沿岸局部水域污染嚴重。2002年，由于星云湖劣Ⅴ類水污染，導致撫仙湖暴發藍藻，面積達13平方公里。經過2003年治理，次年撫仙湖水質恢復Ⅰ類。

　　近年來，玉溪市針對撫仙湖貧營養湖的特征，依據對流域以控源為主，湖泊水體以保育為重點的綜合防治理念，把撫仙湖三個片區98.6平方公里劃定為開發禁控區。先后投入近20億元人民幣實施環湖截污治污、環湖面源污染控制、環湖生態建設等六大工程，徹底截斷了每年4360萬立方星云湖劣五類水污染撫仙湖的現狀，建成污水處理廠(站)3座，拆除沿岸企業62戶及16萬平方米的違章建筑，建成面積達1063畝的人工濕地及湖濱帶。