南京市實施水環境綜合整治的范圍主要是南京市主城區，分為玄武湖流域、金川河流域、內秦淮河流域和賽虹橋地區、河西北部地區、城東地區、北十里長溝流域等六個片區，總面積約226.85平方公里，力爭實現河湖水質的全面改善。“全面雨污分流”是“治水”的關鍵——六大片區水環境今后對新建項目，將嚴格按照雨污分流規劃設計；對老城合流制區域，逐步進行全面的雨污分流改造；對已建成分流制管網的新城區，徹底整改錯接、混接現象，最終達到主次污水干管全覆蓋，污水不下河。

     其中，玄武湖流域面積約11.23平方公里，流域范圍為玄武湖以北，中央門以東，紫金山以西，紅山至小營村、農場山一帶以南地區。金川河流域面積約38.57平方公里，東起墨香路，西至長江，南起北京西路、模范西路一帶，北至幕府山，含金川河水系及南十里長溝水系。內秦淮河流域和賽虹橋地區面積約38.90平方公里，東起明城墻、月牙湖，西至外秦淮河、南河，南起雨花臺，北至定淮門、清涼門、北京西路、九華山。河西北部地區面積約18.70平方公里，東起外秦淮河、南河，西至長江夾江，南起應天大街，北至外秦淮河。城東地區面積約93.15平方公里，東起繞城公路，西至南河，南起繞城公路、秦淮新河，北至外秦淮河、東南護城河、紫金山，以及百水橋、鐵心橋南部地區。北十里長溝流域面積約26.30平方公里，東起繞城公路，西至經五路、邁化路、和燕路，南起紫金山，北至長江。目前，六大片區水環境整治工程均在推進之中。