在那些自來水供應有限的偏遠和農村地區，雨水收集是一種風尚。不過，自來水充裕地區的雨水收集也越來越多。人們用雨水沖洗廁所、沖洗馬桶、澆灌花園和園藝作物，因為這些雨水免費，同時降低他們使用凈化飲用水的費用。而且，人們意識到需要關注地球的自然資源，包括飲用水和能源。

由于純凈水需求的持續增加，地下水位持續下降。作為凈化飲用水的一種替代，雨水收集因此滿足了可持續管理和環境友好行為的需求。

雨水最初不含人體的致病微生物，但在形成地表徑流及在容器中儲存時有可能被污染。（收集雨水的）污染可能發生在多種環節，比如當動物糞便順著屋頂流入，或者動物獲準進入雨水收集池或打開水管，或者在維護、維修雨水蓄水池和水量分配設施的過程中。儲藏雨水的微生物特性依賴于諸如溫度和時間這樣的儲存條件，但也取決于容器的制造材料、儲藏系統的維修保養和水龍頭的衛生保健。另外，收集到的雨水的化學成分受多種因素影響從而發生變化，包括容器頂蓋材料如鍍鋅頂蓋或者混凝土瓦、周邊的環境條件，后者如城區和工業區的空氣污染。

排泄物跟蹤檢測的出現，表明來源于人類和動物的糞便污染了水體。可能存在于糞便中的病原體，如彎曲桿菌、沙門氏菌、弧菌、隱性擔孢子、賈弟鞭毛蟲和腸的病毒同樣可能存在于水體中。隨著材料的使用，維修狀況和保存時間，例如氣單胞菌屬可以在水池中生長同時形成生物膜，軍團菌屬之類的細菌可以在這個系統中開辟疆土。生物膜形成于配水系統中引發廣為人知的公共衛生問題，例如滋生和養護致病微生物、細菌的再生長和消毒劑失效。

研究者于2005年及2006年在荷蘭對收集的雨水取樣分析，樣本來自四個不同的地點，并進行了細菌學上的分析。2007年針對儲水池材料和儲存溫度影響進行了取樣的收集和分析。

三年的研究表明，在荷蘭四個不同地點以屋頂形式收集保存的雨水（用于沖洗廁所、沖洗馬桶、清洗地板和澆灌植被），均受到排泄物的污染，并包含潛在的人體致病微生物，如彎曲桿菌、軍團菌屬、隱性擔孢子和賈弟鞭毛蟲。蓄水池中總大腸菌類的出現表明可能存在生物膜；這些有機物可以在水體中存活并生長，特別是在生物膜面前。儲存的雨水中這些微生物的特性不符合荷蘭飲用水標準和法規，也不符合世界衛生組織（WHO）的飲用水指導方針，因此未經處理不能飲用。

為了降低與儲存的雨水相關的健康風險，需要采用適當的措施。強化雨水收集安全措施可以包括以下幾個方面：阻止動物直接進入蓄水池；定期清洗收集工具，如清洗屋頂及天溝以防止附著在上面的動物糞便和排泄物被沖洗到水池里。儲水池應該單獨設置，以控制雨水溫度；同時儲水池應該按規定定期清洗或消毒，以防止生物膜的形成和氣單胞菌屬、軍團菌屬之類的細菌的滋生。在輸水管道和水龍頭環節同樣需要十分小心，以確保清潔衛生。