幾乎人人都知道，番禺是著名的水鄉，水網密布、河道縱橫，共有19條主河道、387條河涌。但是可能很多人不知道，番禺是個缺水的地方，雖然年過境客水資源量達1055.4億立方米（客水資源主要為西、北江入境客水），但本地水資源量少，多年平均水資源總量為7.64億立方米，而可用水資源并不豐富。番禺區水資源人均占有量僅是全國人均占有量的56%，是世界人均占有量的15%，而且河道在改革開放之后污染嚴重，經過惠民一號河涌綜合整治，全區水質已有較大改善。
但目前在水資源開發利用中仍存在以下問題：
——水資源時空分布不均。本地水資源量主要由降水補給，其在時空上的變化與境內降水的年內分配、年際變化和地區分布基本吻合。徑流量年內分配不均，汛期4～9月降水量占全年的80.7%。年際變化較大，年降雨量極值比達2.6倍。在空間分布上，以沙灣水道為界，降水量由南向北遞減。河涌水質基本為Ⅳ～劣Ⅴ類，水質較差，不能飲用；水道水質較好，一般為Ⅲ～Ⅳ類，水體功能以飲用水、工農業用水、景觀和漁業用水為主。
——枯季咸潮上溯，水資源的利用受到影響。珠江三角洲網河區處在潮流影響范圍內，每年10月至次年4月枯水季節，當上游來水流量減少，南海大陸架高鹽水團隨著海洋潮汐漲潮流沿著珠江河口的主要潮汐通道向上推進，鹽水擴散、咸淡水混合造成上游河道水體變咸，即形成咸潮上溯，咸潮界可上溯至焦門水道和洪奇瀝上游，大旱年份（1955年、1963年、1977年春旱），鹽度0.5％。的咸潮界甚至可達沙灣水道的三善滘。2004年2月7、8日受咸潮上溯影響，番禺南村、石碁等鎮被迫采取限制供水。
——水環境受污染，造成水質性缺水。改革開放以來，隨著番禺區人口和經濟的不斷增長，廢污水、污染物排放量和入河量不斷增長，污染水體。番禺區地處潮汐河流，水動力條件復雜，影響污染物的自凈作用，造成番禺地表水體污染嚴重。自2001年5月以來，沙灣水廠源水曾數次出現短時（持續時間為幾小時）的非常規檢測項目嚴重超標，污染物主要來自上游工業廢水的排入。從2007年開始，我區將河涌綜合整治列為惠民一號工程，計劃用10年時間，總投資100多億元，使河涌達到“堤固、水清、岸綠、面潔、景美”的目標，目前已取得明顯成效。不過大部分河涌的水還沒有達到飲用水的要求。
——節水措施不足，水資源浪費嚴重。番禺區人均日綜合用水定額遠高于全國平均水平，城市供水管網的跑、冒、滴、漏水浪費現象嚴重；工業用水重復利用率僅為30%，遠低于全國平均水平，工業萬元產值耗水量遠高于全國平均水平；農業主要以漫灌為主，灌溉渠系水利用系數一般在0.4～0.7，有相當數量的水通過滲透漏損失掉。
——存在潛在的工程性缺水問題。隨著區域經濟社會的快速發展，工業和人口將會有較大增加，用水量也隨之不斷增加，對現有供水設施的供水能力提出了更高要求。番禺區現有的供水設施基本能滿足當前用水需求，但不能滿足未來高速發展的需要，勢必會存在潛在的工程性缺水。