中國地質調查局1999年開展的《全國地下水與環境綜合評價》（即“新一輪全國地下水資源評價”）項目，重新評價了全國32個省（區、市）和香港、澳門兩個行政區，2000多個縣（市）的地下水天然資源、可開采資源，系統評價了全國地下水環境質量，編制了我國第一部地下水資源與環境圖集，全面更新了地下水資源數據，為國家水資源綜合規劃的編制、水資源宏觀管理、防治地下水污染、可持續利用地下水環境保護提供了科學依據。

新一輪全國地下水資源評價的最新結果是：我國地下水天然資源量多年平均為9235億立方米。其中，地下淡水天然資源多年平均為8837億立方米，約占全國水資源總量的1/3。其中，山區為6561億立方米，平原為2276億立方米；地下微咸水天然資源多年平均為277億立方米，半咸水天然資源多年平均為121億立方米。全國地下淡水可開采資源量多年平均為3527億立方米。其中，山區為1966億立方米，平原為1561億立方米。深層承壓水年可開采儲存量約為110億立方米／年。

這一項目還查明了從1984年以來地下水資源所發生的變化及其原因。調查表明，1999年全國地下水開采量達1116億立方米，全國平均開采程度為29.9%，其中河北省、天津市、北京市全境超采。近20年來，地下水所占總供水量的比例一直呈增長趨勢，已從1980年的14%增長到 1999年的 18.7%,農業用水量呈遞減趨勢，工業和生活用水量卻明顯上升。目前，全國擁有地下水開采井500萬眼，有310多個城市以開采地下水作為城市供水水源，約占全國城市的71%，54座城市以開采地下水為主要水源地，全國70%的人口飲用地下水，北方城市生活和工業用水中地下水占90%左右。

新一輪全國地下水資源評價首次對全國地下水環境質量進行了綜合評價，從地下水水質、地下水污染程度、地下水不合理開發誘發的環境地質問題及地下水脆弱性等方面較全面地論述了我國地下水環境質量。評價結果表明，在全國地下水資源中，95％的地下水可用做生活飲用水水源及工農業供水。其中，80%的地下水可供直接飲用，10%的地下水為適當處理后可供飲用，5%為不宜飲用但可直接為農業和部分工業利用；另有不足5％的地下水資源因遭受污染等影響，需經深度處理才可利用。南方地區地下水質量優良，大多地下水可供直接飲用。北方山區及山前平原地區水質較好，中部平原區較差，濱海地區水質最差。全國31個省（區、市）不同程度地存在著與飲用水水質有關的地方病區。據不完全統計，全國有5000多萬人仍在飲用不符合飲用水標準的地下水。

調查表明，由于超采地下水，全國已形成區域地下水降落漏斗100多處，面積大于5萬平方公里。河北平原深層地下水已經形成了跨冀、京、津、魯的環渤海區域地下水降落漏斗。全國有50個城市由于不合理開采地下水而發生了地面沉降；許多地方出現了地裂縫，沿海城市和地區地下水位下降，引起海水入侵，導致地下水水質惡化。

新一輪全國地下水資源評價還編制了我國第一部地下水資源與環境圖集，圖集包括序圖組、全國圖組、地區圖組和分省圖組共計126幅圖，這些圖組包括地下水資源分布圖、地下水資源開發利用狀況圖、地下水環境圖，而且成圖比例尺跨度大，從1：50萬至1：2400萬，共計23種比例尺。同時，建立了以空間數據庫為主體的中國地下水資源綜合評價與決策管理信息系統——信息化“數字地下水”平臺，形成了以空間信息系統為平臺的地下水資源評價科技支撐體系。